Особое место в сфере социального партнерства профсоюз отводит взаимодействию с интегрированными структурами отрасли. В настоящее время Профавиа тесно сотрудничает с ОАО «Объединенная авиастроительная корпорация», ОАО «ОПК «Оборонпром», ОАО «Корпорация «ТРВ».

В целях развития такого взаимодействия ЦК профсоюза обратился к генеральному директору ОАО «Концерн ПВО «Алмаз-Антей» В. В. Меньщикову с предложением найти приемлемый порядок взаимодействия ЦК профсоюза и концерна для более эффективного регулирования социально-трудовых отношений на предприятиях концерна, заключения коллективных договоров, координации деятельности профсоюзных организаций в рамках интегрированной структуры.

30 июня 2011 года в ЦК профсоюза состоялись предварительные переговоры с представителем ОАО «Концерн ПВО «Алмаз-Антей» Л. П. Никифоренко.

Обсуждались вопросы перспектив подписания Соглашения о взаимодействии и сотрудничестве, создания Координационного совета, а также вопросы, которые целесообразно рассматривать совместно: определение единых подходов при разработке систем оплаты и стимулирования труда, принципов социальной политики, совершенствование системы охраны труда и другие.

После детального обсуждения сторонами результатов данных переговоров планируется встреча председателя профсоюза с генеральным директором концерна.